原南通医学院（2004年与南通工学院、南通师范学院合并为南通大学）于1992年7月3日成立航海医学系（与航海医学研究所实行系、所合一的管理体制），招收“航海医学”专业学生，旨在培养船医，将来能接受并担负船员的自救互救、航海疾病预防、航海心理咨询及治疗、海轮上的消毒、杀虫、灭鼠等工作，使船员在患病、意外伤害或遇难时得到日常医疗或紧急救助。该专业开设基础医学、临床医学等课程，同时结合专业特点增设航海基础、航海卫生学、航海流行病学、航海心理学、船员疾病学、针炙推拿等课程。组织老师编写了《航海基础》、《航海卫生学》、《航海流行病学》、《航海心理学》、《航海医学》等具有航海医学专业特色的教材。航海医学专业学制：本科5年，专科3年。1979年-1983年招收航海医学本科生5届，培养学生405名。1985年-1995年招收专科生11届，培养学生544名。期间，还开办船医继续教育培训班2期，培训学员44名。1999年10月开始，担负交通部授权的港务监督“船上医护”教学培训，共20期，培训学员770名。目前，航海医学系不招收培养本、专科学生。

1993年12月17日，经国家学位评审委员会批准，在航海医学系设立“航空、航天与航海医学”（属于基础医学一级学科下的二级学科）硕士点，主要培养航海医学基础研究、航海心理学研究、航海卫生学研究3个专业方向的研究生。2011年升格为“特种医学”一级学科硕士学位授权点，设有6个研究方向：1）航海与潜水医学；2）低氧损伤与防治；3）应激与慢性疼痛；4）应用心理学；5）药物新剂型；6）分子药理学，目前在读研究生49名。

航海医学系迄今已培养近300名硕士研究生，很多研究生考取国内著名院校和科研机构博士研究生或出国深造。以浙江大学原医学部部长段树民院士为代表的许多毕业生在工作岗位上取得突出成绩，为我国医疗卫生事业以及社会和经济发展做出了重要贡献。

2013年南通大学获批博士授权单位，我们的“特殊环境对人体生理心理影响与防护研究”成为“基础医学”一级学科下的博士研究生培养方向，开始招收培养博士研究生。